ログのように、ファイルの最後に 1 行ずつ足していきます。
$line = date( 'Y-m-d H:i:s' ) . "\t" . $message . "\n"; file_put_contents( $file, $line, FILE_APPEND | LOCK_EX );
FILE_APPEND を付けないと、毎回ファイルが上書きされます。LOCK_EX は、同時に書き込まれたときに行が混ざらないようにするためのものです。書き込み先は、ブラウザから開けない場所（公開フォルダの外）にし、行の最後に改行を付けます。
